Il Museo è stato inaugurato in occasione della grande Mostra dei Longobardi che costituisce il nucleo principale della sezione altomedioevale e l'esposizione museale si articola in due piani. E' rimasta aperta la parte allestita per tale mostra e contenente reperti lapidei romani, longobardi, paleocristiani.

Al pianoterra viene ospitata i reperti lapidari suddivisi nelle sezioni: romana, paleobizantina, altomedioevale e romanica. Il piano nobile, in sette sale, ospita la Mostra Longobarda.

Dei tabelloni posti sopra le vetrine spiegano in maniera semplice gli usi ed i costumi dei Longobardi e l'impiego pratico degli oggetti esposti.